Covid 19 - un point de vulgarisation sur l'actualité immédiate liée au Covid

J’ai rassemblé des extraits d’articles scientifiques et de recommandations des Autorités de Santé en m’essayant à une vulgarisation qui, je l’espère, vous sera utile et vous permettra d’y voir un peu plus clair dans la « jungle » des récentes informations et des déclarations diverses des nombreux « spécialistes ».

Ce n’est qu’un point d’actualité, qui, comme les précédents, doit être mis à jour en permanence, grâce à une veille scientifique et réglementaire quotidienne.

Ça baisse donc un peu avec le temps et nous n’avons pas encore le recul suffisant pour aller au-delà. Les anticorps qui protègent les muqueuses, donc l’accès immédiat du virus dans l’organisme (au niveau du rhino-pharynx) ne restent, eux, pas très longtemps (quelques semaines au plus). D’une manière générale, les taux d’anticorps anti-Spike sont plus élevés chez les patients ayant été très symptomatiques ou ayant fait une forme grave.
Donc, la séroprévalence, (qui représente le taux de personnes porteuses d’anticorps dans la population) et qui est sensée être comprise entre 11 et 16% est probablement sous-estimée, ce qui est plutôt une bonne nouvelle pour l’immunité collective. Mais cela signifie aussi que la prévalence de l’infection (qui représente le taux d’infectés dans la population) est probablement supérieure à celle suggérée par les tests de séroprévalence, car il y a une proportion d’asymptomatiques (qui n’ont aucun symptômes).

Si je peux me permettre une comparaison, le virus Herpes vit avec l’Homme depuis des centaines de milliers d’années et est donc bien toléré, on « vit avec ». En revanche, le VIH (virus du SIDA) qui est passé du singe à l’homme il y a environ 100 ans, n’est pas adapté et continue à tuer s’il n’est pas traité, et ses mutations hyper fréquentes empêchent de trouver un vaccin.

On distingue des virus « mutants » ceux qui présentent plusieurs mutations mais qui restent similaires et des virus « variants » qui ont une accumulation importante de mutations ce qui en fait, en réalité, de nouvelles souches virales. Ils sont donc différents du virus initial dit « sauvage ».

Les données concernant la sévérité de ces variants par rapport au SARS-CoV-2 sont encore insuffisantes, mais les hospitalisations et donc indirectement les décès devraient augmenter significativement à cause de cette plus forte transmission, en particulier parmi les groupes de personnes plus âgées ou présentant des comorbidités.
Le taux de cas sur 7 jours au Royaume-Uni a augmenté globalement de 51 % en 2 semaines !

Donc, retenons que l'apparition de ces variants n'a rien d'anormal. Tous les virus, quels qu'ils soient, mutent.
Concernant le Sars-Cov-2, ces dernières semaines, au moins trois de ces mutations ont commencé à se répandre suffisamment et dans certaines zones deviennent à présent majoritaires. Voici ce que l'on sait de ces "épidémies dans l'épidémie".

Le variant dit "anglais", comporte une vingtaine de mutations. Toute l'attention se porte sur une mutation particulière, nommée "N501Y", car elle concerne la fameuse protéine Spike, située à la surface du virus. Cette protéine est en quelque sorte la "clé" qui permet au Sars-Cov-2 d'entrer dans les cellules et de les contaminer.

Dans le monde, on le retrouve désormais dans au moins 60 pays, dans les six zones géographiques déterminées par l'OMS. Le premier cas positif a été détecté en France à Tours le 25 décembre. On attend les résultats de la dernière enquête flash à laquelle nos labos ont participé le 25 et 26 janvier pour connaître son incidence. Elle sera certainement plus importante en Ile de France que dans les autres régions. S'appuyant sur les premiers résultats de séquençage de souches positives, des chercheurs de l'Inserm estiment que ce variant pourrait devenir dominant en France entre fin Février et mi-Mars.
Selon le président du Conseil scientifique, "si on ne fait rien, si on ne prend pas très rapidement des décisions, on aura une extension du variant anglais" en France. Un nouveau sujet d’inquiétude est que ce variant anglais présente à son tour de nouvelles mutations !

Dans une étude publiée le 19 janvier (mais pas encore validée par les pairs), les scientifiques des laboratoires Pfizer et BioNTech affirment que leur vaccin est en mesure de protéger contre ce variant.

Du côté du britannique Astra Zeneca, dont le vaccin est déjà utilisé depuis début janvier au Royaume-Uni et pourrait être validé prochainement pour tous les pays de l'Union Européenne, son PDG Pascal Suriot a déclaré au Sunday Time : "nous pensons pour l'instant que le vaccin devrait rester efficace", … "Mais on ne peut pas en être sûr, donc nous allons faire des essais." Cette même société qui commercialise l’un des deux vaccins actuellement disponibles (Comirnaty®), affirme que la technologie utilisée permet de synthétiser un vaccin adapté aux variants, …ouf !

D’une manière générale, la protéine Spike reste reconnaissable par le système immunitaire. Il est possible que l’efficacité du vaccin baisse alors un peu, mais comme sa valeur de départ est excellente (95%), cela ne suffit pas à le remettre en cause, du moins à court terme.

Quelles sont ses mutations ?
Le variant dit "sud-africain", plus scientifiquement appelé 501.V2, possède lui aussi, plusieurs mutations situées sur la protéine Spike.

Pourquoi inquiète-t-il ?
Comme le variant anglais, il est beaucoup plus contagieux que la version originelle du Sars-Cov-2 : "50% plus transmissible", mais "rien n'indique" cependant qu'il soit "plus sévère".
Toutefois, les médecins sud-africains ont constaté que la vague épidémique de Décembre-Janvier avait particulièrement touché les jeunes, y compris sans comorbidité, parfois avec des formes graves de la maladie. Les études sont en cours, mais on n’exclue pas qu’il soit plus virulent (dangereux).  

A-t-il été repéré sur le sol français ?
A la date du 19 janvier, ce variant était présent avec certitude dans 23 pays selon l'OMS : l'Afrique du Sud bien sûr, quelques pays voisins, l'Australie, la Chine, le Canada, et plusieurs pays d'Europe dont la France, où le premier cas a été détecté le 31 décembre dans le Haut-Rhin chez un homme de retour d'Afrique du Sud. Après la découverte d'un autre cas dans le Val-de-Marne, une vaste opération de dépistage a été organisée mi-Janvier dans plusieurs villes d'Ile-de-France. Il circule aussi dans 2 départements français Mayotte et La Réunion, espérons que les barrières sanitaires seront bien respectées avec la métropole ! 
Il existe potentiellement de nombreux cas non détectés, car le dépistage de ce variant est beaucoup plus complexe que celui du variant anglais.

Les vaccins seront-ils efficaces ?
C'est à ce jour la grande inconnue, et la grande crainte, concernant ce variant. Aucune preuve de l'efficacité des vaccins actuels contre le variant d’Afrique du Sud n'a encore été apportée. De nombreuses études sont en cours.

Pourquoi inquiètent-ils ?
Comme les variants identifiés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, ils pourraient être plus contagieux, en raison de ces modifications de Spike. La découverte de ces variants coïncide là encore avec une forte augmentation des cas de Covid-19 au Brésil. Cependant, "les fêtes de fin d'année" et la saison, propice aux virus respiratoires, pourraient à eux seuls expliquer cette flambée. On ne peut donc pas affirmer qu’il soit seul responsable de cette augmentation.

Ont-ils été repérés sur le sol français ?
A l'heure actuelle, on ne dispose que de peu d'informations sur leur dissémination dans le monde.

Les vaccins seront-ils efficaces ?
Comme pour le variant identifié en Afrique du Sud, il est trop tôt pour affirmer si les vaccins déjà sur le marché ou en cours de production seront efficaces contre les variants apparus au Brésil

De nombreuses plateformes utilisent en routine le test RT-PCR capable de détecter ce variant. On amplifie une zone spécifique de la mutation, ou, pour d’autres méthodes, la disparition d’un signal normalement présent oriente vers un probable mutant. La plupart des tests utilisés dans vos laboratoires les détectent à présent. Les tests positifs sont adressés pour un séquençage lors d’enquêtes « flash ». Nous obtenons les résultats 48 heures après.

Les mutations du variant anglais peuvent-elles altérer les tests antigéniques ?
Sur ce point le Conseil scientifique se veut rassurant. Il indique que « la plupart des tests antigéniques rapides ne sont pas affectés par les mutations de la protéine Spike. Par contre, n’oubliez pas que leur sensibilité globale reste limitée (à 60 % pour certains donc un risque de passer à côté de 40 % des cas). Il faut donc les utiliser dans un cadre limité et pour des indications bien précises.

Beaucoup ont eu lieu également dans les groupes témoins qui recevaient un placebo, en conséquence très vraisemblablement liés à l’injection intramusculaire elle-même et pas au contenu du vaccin. Les très rares cas de réaction allergique sévère (1 sur 100.000) sont survenus dans les minutes ayant suivi l’injection. Ils sont tous apparus chez des patients avec de sérieux antécédents allergiques.

En revanche, le vaccin contient du polyéthylène glycol (PEG) qui sert à transporter l’ARN messager, pouvant provoquer ces réactions d’hypersensibilité immédiate, dont je parlais au-dessus. Elles sont très rares mais elles nécessitent une surveillance d’1/4 d’heure après l’injection avec prise de la tension.

• L’intervalle minimal entre deux doses est de 19 jours. En cas de délai supérieur à 21 jours après l’injection de la première dose, la vaccination peut reprendre quel que soit le retard ; il n’est pas nécessaire de recommencer le schéma vaccinal dès le début. Il a été décidé finalement de ne pas allonger le délai.
   
• Ne pas administrer plusieurs vaccins (notamment celui contre la grippe) en l’absence d’études disponibles, c’est donc à éviter.
  Les effets indésirables locaux sont fréquents, mais pas plus chez les personnes âgées que chez les autres : Douleur au point d’injection dans les 7 jours suivant une injection qui disparaît généralement en 1 à 2 jours, rougeur et gonflement au point d’injection, moins fréquents (5%).

Chez 60% des personnes, fièvre, frissons, fatigues, céphalées ou douleurs musculaires un à deux jours après la vaccination, disparaissant habituellement en un à deux jours, plus fréquents chez les moins de 55 ans et les sujets ayant eu une réaction locale.
Le vaccin est contre-indiqué chez les personnes ayant eu des manifestations allergiques graves.

Celui développé par Johnson&Johnson est un vaccin à vecteur viral vivant non réplicatif. Il utilise un adénovirus non pathogène génétiquement modifié pour exprimer le gène de la protéine Spike du SARS-CoV-2. Ce virus-vecteur transporte le gène dans les cellules humaines qui fabriqueront la protéine correspondante, ce qui déclenchera la réponse immunitaire anti-SARS-CoV-2. Cette technologie est la même que celle utilisée par les vaccins d’Astra Zeneca-Oxford et Gamaleya-Sputnik V. Ils seront probablement bientôt disponibles en France. L’intérêt est d’utiliser une seule dose et de pouvoir être conservé longtemps à – 20°. Leur tolérance est bonne. Aucun cas d’anaphylaxie n’a été rapporté. L’efficacité est d’environ 70 % et semble moins bonne chez les personnes âgées pour Astra Zeneca. En revanche, le vaccin Sputnik V fait partie des 3 vaccins avec plus de 90 % d’efficacité. Il est déjà utilisé dans une vingtaine de pays. Il nécessite un rappel.

Les autorités de santé françaises recommandent que les personnes vaccinées soient laissées en observation pendant 15 minutes après chaque injection et que les soignants disposent des moyens thérapeutiques adéquats pour faire face à un éventuel accident allergique. C’est ce qui est mis en place dans les centres de vaccination.

Le but de cette vaccination est surtout, d’une part, d’éviter les formes graves et, d’autre part, d’atteindre une immunité collective qui nous permettra un retour à la normale.  Le Ro (taux de reproduction) du SARS-CoV-2 étant assez élevé, une immunité collective peut être atteinte avec un vaccin efficace à 90% et si 60% minimum de la population est vaccinée.

Concernant l’intervalle entre les doses : Apres moult débats, le délai d’administration entre la première et la deuxième dose est finalement maintenu entre 3 et 4 semaines. D’une manière générale, en vaccinologie, si l’on ne peut pas respecter l’intervalle entre 2 rappels pour une raison ou pour une autre, il est toujours conseillé de l’allonger plutôt que de le réduire. Mais le gouvernement a fait le choix de la sécurité face à une incertitude concernant l’efficacité de la première dose et sa durée. En effet, des données montrent que, chez les sujets de plus de 60 ans, la protection contre la maladie entre la première dose et la seconde dose ne serait que de 33 % et l’Académie de médecine avait d’ailleurs alerté sur le fait que « l’obtention d’une couverture vaccinale élargie, mais fragilisée par un faible niveau d’immunité, constituera un terrain favorable pour sélectionner l’émergence d’un ou de plusieurs variants échappant à l’immunité induite par la vaccination ». 

Une personne qui a fait la maladie doit pouvoir être vaccinée si elle le souhaite à l’issue d’une décision partagée avec le médecin. Dans ce cas il est recommandé de respecter un délai minimal de 3 mois à partir du début des symptômes et de ne pas vacciner en présence de symptômes persistants

Cependant, plusieurs études sont en cours, dont les résultats attendus prochainement devraient permettre d’y voir plus clair. Mais, là encore, à suivre… pour l’instant l’indication reste : patients symptomatiques pour lesquels le prélèvement nasopharyngé est difficile voire impossible.

Mais il y a aussi le fait que l’orientation diagnostique et l’offre de soin étaient entièrement tournés vers la Covid et des vraies grippes ont pu rester méconnues (biais de sous-estimation).

Au 24 janvier 2021, il n’a pas été identifié de circulation active des virus grippaux en France depuis le début de la surveillance en octobre 2020. Mais, attention, une circulation tardive de la grippe n’est pas à exclure. Il reste des stocks de doses de vaccin anti grippaux. La campagne de vaccination est donc prolongée en France jusqu’à la fin du mois de Février. Alors, pour les retardataires, faites-vous vacciner contre la grippe !

Selon cette même étude, un pic de charge virale apparaitrait dans les voies respiratoires supérieures dans les 3 à 5 jours après le début des symptômes, et plus tardivement, au cours de la seconde semaine dans les voies respiratoires inférieures. Par ailleurs, aucune étude n’a détecté du virus infectieux au-delà du 9è jour de la maladie, même chez des personnes ayant eu des charges virales importantes persistantes.
Ainsi, s’il faut retenir un message simple, un sujet est contagieux environ 3 jours avant le début des signes et durant une semaine environ après leur apparition (ce sont des moyennes observées).

Est-ce similaire pour les personnes asymptomatiques ?
La majorité des études ayant comparé les charges virales d’individus asymptomatiques et symptomatiques montrent qu’elles seraient similaires. Ainsi, bien que de l’ARN viral soit détectable sur une longue période, la durée d’infectiosité serait plus courte. D’où l’intérêt d’une stratégie de détection et d’isolement précoce des cas symptomatiques et asymptomatiques.